৫ই আগস্টের ২০২৪ আওয়ামী লীগ সরকার পতনের পর থেকে দীর্ঘদিন ভারতে আত্মগোপনে থাকার পরে ১৭-৯-০২৫ ইং তারিখে চুয়াডাঙ্গা গেদে বর্ডার সীমান্তে ফেনসিডিল সহ সীমান্তরক্ষী বাহিনীর (বিজিবি) হাতে ধরা পড়েন কমিটি বাণিজ্য সহ বহু অপকর্মের হোতা ঢাকা মহানগর দক্ষিণ ছাত্রলীগের সাবেক সাধারণ সম্পাদক জোবায়ের।পরবর্তীতে চুয়াডাঙ্গা জেলা আদালত জামিন নামঞ্জুর করে জোবায়েরকে জেল হাজতে প্রেরণ করেন।অন্যদিকে জোবায়ের বিরুদ্ধে ঢাকা মহানগর দক্ষিণ ছাত্রলীগের সাধারণ সম্পাদক থাকা অবস্থায় থানা কমিটি ওয়ার্ড কমিটি দেওয়ার সময় নেতাকর্মীদের থেকে মোটা অংকের উৎকোচ নিয়ে কমিটি দিয়েছেন বলে অভিযোগ রয়েছে,এমনকি কমিটিতে পদ পদবী দেওয়ার কথা বলে বিভিন্ন পদ প্রত্যাশীদের থেকে কাড়ী কাড়ী টাকা হাতিয়ে নেওয়ার অভিযোগ উঠেছিল তৎকালীন সময়ে।এই নিয়ে তৎকালীন সময়ে বিভিন্ন গণমাধ্যমে সংবাদ প্রকাশিত হলেও কোন ব্যবস্থা নিতে দেখা যায়নি তার কারণ জোবায়েরের ঢাকা মহানগর দক্ষিণ ছাত্রলীগের কমিটি বাণিজ্য এবং অনিয়ম দুর্নীতির সিংহভাগ টাকা তার গুরুকে দিতেন। ৫ ই আগস্ট-০২৪ আওয়ামী লীগ সরকার পতনের পর পর ঢাকা মহানগর দক্ষিণ ছাত্রলীগের কমিটি বাণিজ্যসহ বহু অপকর্মের হোতা ঢাকা মহানগর দক্ষিণ ছাত্রলীগের সাবেক সাধারণ সম্পাদক জোবায়ের ভারতে পালিয়ে যাওয়ার পর কলকাতায় তৎকালীন সময়ে ছাত্রলীগের পথ বঞ্চিত নেতাকর্মীদের রোষনালে পড়ে শারীরিকভাবে লাঞ্ছিত হন।পরবর্তীতে আওয়ামী লীগের প্রভাবশালী নেতাদের হস্তক্ষেপে রেহাই পেয়েছেন বলে সূত্র জানায়।
জোবায়ের নামে রাজধানী ঢাকার যাত্রাবাড়ী থানায় বৈষম্য বিরোধী ছাত্র জনতা হত্যার ঘটনায় হওয়া মামলার অন্যতম আসামী।